Acontece que o terminal operou entre 5 de junho a 3 de julho com uma autorização provisória emitida pela Receita Federal para operação do sistema alfandegário . Agora, a permissão em caráter definitivo, só deve ser emitida com a conclusão da obra.
Para que o terminal pudesse funcionar durante os período dos jogos da Copa do Mundo em Cuiabá, foi providenciado pela Infraero, espaços provisórios para alfândega e outros órgãos. Espaços que agora precisaram ser desocupados para a continuidade da reforma.
Sem voos – O impedimento do funcionamento do terminal impede a recém iniciada operação da empresa Amaszonas, por exemplo, que realizada voos diretos no trecho entre Cuiabá e Santa Cruz de La Sierra, na Bolivia.
