"O país perdeu credibilidade", disse o presidente da ABPA, Francisco Turra.
A investigação também atrasou uma autorização esperada para exportação de carne de porco para países como a Coreia do Sul e o México.
"Estávamos prestes a receber autorização para exportar carne de porco para o México antes do início da investigação", disse Turra.
A ABPA disse que o Brasil continuaria sendo o maior exportador de frango do mundo, mesmo depois do escândalo, o que levou a controles sanitários mais rigorosos no país e em destinos de exportação.
O Brasil enviou 7 mil contêineres de frango para a Europa nos primeiros cinco meses do ano, disse a ABPA.
A indústria recebeu notificações sobre 3,5% desses contêineres, algumas por questões sanitárias e outras devido a questionamentos sobre embalagem e documentação. O grupo disse que não ficou claro se alguma foi rejeitada.
Enquanto não são concluídas auditorias, as suspensões do governo brasileiro continuam em vigor para nove das 54 plantas certificadas para exportar frango para a União Europeia, disse a ABPA.
O grupo disse que a produção brasileira de carne de porco em 2017 pode aumentar até 1,5%, para 3,750 milhões de toneladas, enquanto os embarques poderiam aumentar no mesmo percentual, para até 800 mil toneladas, se o México e os mercados sul-coreanos abrirem seus mercados.
A indústria de carne suína sofreu menos por causa da operação Carne Fraca, disse Turra. No início deste ano, no entanto, a ABPA havia previsto que a produção de suínos e as exportações cresceriam de 2 a 3%.